Діяльність підрозділу полягає в забезпеченні ведення бухгалтерського обліку фінансово-господарської діяльності університету та складанні звітності, здійсненні заходів щодо надання повної, правдивої та неупередженої інформації про його фінансовий стан, раціонального та ефективного використання матеріальних, трудових та фінансових ресурсів, організації планово-фінансової роботи, розробки штатного розпису, складанні кошторисів.
Бухгалтерська служба у своїй діяльності керується Конституцією України та законами України, указами Президента України, постановами Кабінету Міністрів України, наказами Мінфіну, іншими нормативно-правовими актами, що регламентують бюджетні відносини і фінансово-господарську діяльність університету, наказами та розпорядженнями ректора , а також положенням про бухгалтерську службу.