Історія кафедри почалася із заснування інженерно-економічного факультету Харківського експлуатаційно-тягового інституту залізничного транспорту (пізніше Харківський інститут інженерів залізничного транспорту). Так, у 1934 р. було створено кафедру кошторису собівартості перевезень, яка працювала із студентами денної форми навчання, а підготовкою спеціалістів заочної форми навчання для підприємств транспорту кафедра почала займатися з 1967 р. З 1981 р. кафедра, яка вже мала назву кафедри бухгалтерського обліку, стала готувати спеціалістів і за денною формою. Перший випуск фахівців відбувся у 1985 р. Протягом 1985-2020 рр. підготовлено понад 2500 спеціалістів і 300 магістрів за денною та 2800 спеціалістів за заочною формами навчання.
З перших років існування кафедри її очолював д-р техн. наук, проф., канд. екон. наук В. М. Орлов. Пізніше кафедрою завідували провідні спеціалісти з обліку на залізничному транспорті: канд. екон. наук, доц. Г.Х.Кримиус, В.Г.Андрєєв, П.Ф.Семернін, А.П.Бочарников, Н.В.Чебанова. Нині кафедру обліку та аудиту очолює доктор економічних наук, проф. О.Г.Кірдіна.