У 2001 р. в Харківській державній академії залізничного транспорту було відкрито Центр міжнародних зв’язків. Протягом 2001–2009 рр. керівником Центру була кандидат психологічних наук О.О. Євдокімова. З 2009 р. i до цього часу начальником Відділу міжнародних зв’язків є А.Л. Луценко.
У 2003 р. ЦМЗ перейменовано в Центр міжнародної освіти (ЦМО). Центр міжнародної освіти (ЦМО) було створено у 2003 р. на базі Центру міжнародних зв’язків. 1 вересня 2015 р. ЦМО було перейменовано в Центр міжнародного співробітництва (ЦМС) Українського державного університету залізничного транспорту. З 1 травня 2016р. ЦМС отримав назву Відділ міжнародних зв’язків (ВМЗ).
ВМЗ створено відповідно до закону України «Про вищу освіту», Статуту Університету та згідно з рішенням Вченої ради Університету.