Університет є засновником ряду наукових видань, що включено до Переліку фахових видань МОН України, а саме:
- Вісник економіки транспорту і промисловості;
- Журнал «Інформаційно-керуючі системи на залізничному транспорті»;
- Збірник наукових праць Українського державного університета залізничного транспорту.
Організація винахідницької діяльності в університеті направлена на реалізацію єдиної державної політики у сфері науки і інтелектуальної власності, тобто на забезпечення правової охорони і господарського впровадження результатів науково-дослідних робіт.